2000

Wiosną znów gorzowianie grali nierówno, lecz po zmianie trenera (na ławce usiadł Zenon Burzawa), w dziewięciu ostatnich spotkaniach zdobyli 13 punktów, pewnie prolongując III-ligowy byt na kolejny sezon. Podstawowa jedenastka, jaka najczęściej wybiegała na boisko w sezonie 1999/00 wyglądała następująco: Tomasz Jeż - Chrzanowski, Dudziec, Remigiusz Król, Sudak - Gaca, Kuźmińczuk, Mierzwiak, Osiecki - Weres, Abramowski. Kondycją imponował doświadczony, kończący wiosną 42 lata Zdzisław Dudziec (grał we wszystkich spotkaniach), a formą strzelecką Marcin Abramowski - zdobywca 7 bramek. Stilon zdobył ponadto Puchar Polski Okręgowego ZPN Gorzów, pokonując w finale Polonię Słubice 7:0. Dało to awans do rozgrywek centralnych sezonu 2000/01, gdzie gorzowianie ulegli jednak naszpikowanej I-ligowcami Amice II Wronki 2:4.

2001

Rundę wiosenną stilonowcy rozgrywali już ze świadomością, że to ostatnia runda gorzowskiego klubu w III lidze. Pustki w kasie powodowały kolejne ubytki kadrowe (zimą odeszli m. in. Byczkowski, Weres, Gireń), klubu nie było stać już nie tylko na zgrupowania, ale nawet na posiłki dla zawodników i wyjazdy na mecze. Ze względu na brak jakichkolwiek perspektyw na uzyskanie środków finansowych na występy w kolejnym sezonie, 19 czerwca 2001 zarząd klubu podjął decyzję o wycofaniu się z rozgrywek III ligi sezonu 2001/02. Zawodnikami, którzy w sezonie 2000/01 najczęściej grali w podstawowej jedenastce byli: Jeż - Dudziec, Gaca, Król, Michalski - Marek Andrzejkowicz, Borowy, Kuźmińczuk, Osiecki - Malinowski, Ziemecki. Jedynym zawodnikiem, który grał we wszystkich 38 meczach był Malinowski. Został on również, dzięki 22 zdobytym bramkom, królem strzelców "śląskiej" grupy III ligi.